Nefis, ruh ve bedenin birlikte meydana getirdiği varlığı ifade eder. “Her nefis ölümü tadacaktır…” (Âl-i İmrân,185) ayetinin işaret ettiği gibi her nefis hayat sahibidir. Onun parçaları olan ruh ve beden de canlı mahluklardır. Bedenin hayat sahibi olması, onu içten ve dıştan kuşatan kanun ve kuralların varlığına ve o kurallara uygun hareket etmesine bağlıdır. Fizik, kimya, biyoloji, matematik gibi bilimler bu kanunları açıklama çabasından doğmuştur.
“De ki: Ruh, Rabbimin emrindedir”(İsra, 85) ayeti ruhun mahiyetini haber vermektedir. Ruh bir tür emirdir. Emir ise kanun, kural, prosedür, komut gibi birçok manayı kapsar. Ama bu manaların ötesinde, ruhun kendi hayatı vardır. Bu hayat biyolojik hayat denilen ve bedenlere ait olan hayattan ayrıdır. Yine diğer emirlerden farklı olarak ruh kendi varlığının farkındadır.
Ruh, sahip olduğu tüm özelliklere rağmen bir bedenin içine girmeden dünya hayatına dahil olamaz. Beden ise ruh olmadan müstakil hareket edemez. Bu şekilde ya hayatı devam etmez, ya da bitkiler ve hücreler gibi çok küçük bir hayat seviyesinde kalır.
Hayatın önemli belirtisi harekettir. Kıpırdamadan yerde yatan bir insan görsek öldüğünden şüphelenebiliriz. Bu durumda nefes alıyor mu, nabzı atıyor mu diye kontrol ederiz. Ama o insan göz kırpma gibi küçük bir hareket yapsa, ölü olmadığını hemen anlarız.
Hayatın ikinci delili hareketin içeriden bir etkiyle meydana gelmesidir. Mesela bir yaprağın rüzgârın eskisine havada uçması bir harekettir ancak onun hayat sahibi olduğunu göstermez. Hayat sahibi bir mahlukun kendi kendine hareket etmesi ise onu yöneten bir ruha sahip olduğunu gösterir.
Ruh ve beden bir araya geldiğinde adeta güçlerini birleştirerek mükemmel bir hayatın ayrılmaz parçaları olurlar. Bedende göz, kulak, burun gibi birçok cihaz vardır. Ruh, bu cihazları kullanarak çevresi ile irtibat kurmaktadır. Ruhta görme hissi vardır ve bedendeki gözleri kullanarak etrafı seyreder. Duyma hissine sahiptir ve kulaklar ile sesleri duyar. Ruhtaki hissiyatın bedendeki cihazlarla eşleşip birlikte çalışmasına nefis, nefis sahibi canlılara da hayvan adı verilir.
İnsan, biyolojik varlığı ile bir tür hayvandır. Ama ruhundaki farklılıklar ve bunun neticesi olarak farklı bir nefse sahip olması, onu hayvanlardan tamamen ayırır. İnsanın şuur ve iradesi hayvanlardan çok daha üstündür. Akıl ise başka bir biyolojik canlıda olmayan, insan ruhuna özel bir kabiliyettir. Ancak bu üstünlükler insan nefsi açısından çok önemli bir riski de beraberinde getirir. Hayvanların hepsi “mutmain”dir. Yani ruhu bedenine tam hâkimdir. Bedeni ruhuna tam itaat eder. İnsanın nefsi ise “emmare”dir. Nefsini doğru anlamamış, onu terbiye edememiş bir insan, varlığının ve hayatının tek kaynağını fiziki varlığı olarak görür. Bedenin arzu ve ihtiyaçlarını tek varlık sebebi zannettiğinden bedeni ruhuna hâkim, ruhu ve aklı bedenine köle ve hizmetçi olur.
İnsanın nefsine esir olması aslında küçük bir mantık hatasından kaynaklanır. Gözü olmadan göremez, kulağında arıza olursa duyamaz ve buradan bedeni olmadan yaşayamayacağı sonucuna ulaşır. Halbuki bu ilişki karşılıklıdır. Ruh olmazsa gözdeki görme, kulaktaki işitme de işe yaramaz ve ruh ile beden ayrıldığında ruhun değil bedenin hayatı sona erer.
Ruh ise sadece maddi âlemden ayrılmış olur. Hakikatte ise hem ruh hem beden, yani nefis, varlığını ve hayatını sadece Cenab-ı Hakk’a borçludur. Bunu doğru düşünebilen insan, nefsine kötülük etmez. Yalnız Allah’a kul olur ve hayvanlardan daha aşağı duruma düşmekten kurtulur.